Trong suốt thời kỳ Pháp, Tây Ban Nha đã cố gắng bảo tồn thuộc địa cuối cùng của mình. Trong cuộc Chiến tranh Algérie từ 1954 đến 1962, Madrid đã trở thành căn cứ của một nhóm bí mật "tổ chức quân sự bí mật" của Pháp . Tuy nhiên, Franco đã buộc phải nhượng bộ. Năm 1956, Maroc thuộc Pháp trở nên độc lập. Ông buộc phải nhượng Tây Maroc cho Mohammed V của Maroc, chỉ giữ lại một vài vùng đất, cụ thể là chủ quyền của phương Tây. Năm sau, trong Chiến tranh Ivni (tiếng Tây Ban Nha: Guerra Olvidada, hay "chiến tranh bị lãng quên"), Vương quốc Maroc đã xâm chiếm Tây Sahara, nhưng không thể tích hợp hoàn toàn vào lãnh thổ của mình.

Năm 1968, dưới áp lực của Liên Hiệp Quốc, Franco đã buộc phải công nhận sự độc lập của thuộc địa Guinea Xích đạo và nhượng lại Ivni bao vây cho Maroc vào năm sau. Ngoài ra, vào năm 1969, để giành được chủ quyền của Anh tại Gibraltar, Tây Ban Nha đã quyết định đóng cửa biên giới với Gibraltar, và biên giới được mở cửa trở lại vào năm 1985.

Năm 1975, Maroc đã phát động một "Hành khúc Xanh" để xâm chiếm Tây Sahara. Franco, người bị bệnh nặng, đã ký Hiệp ước Madrid với Maroc và Mauritania, hứa sẽ rút toàn bộ quân khỏi Tây Sahara vào đầu năm tới, và thuộc địa Tây Sahara bị bỏ hoang.